フラヴィオ・ボルトロは1961年5月5日、イタリアのトリノに生まれた。父親はトランペット奏者でジャズ愛好家、母親は教師であった。幼い頃からジャズに親しみ、9歳で父親の手ほどきによりトランペットを吹き始め、13歳でトリノのG・ヴェルディ国立音楽院に入学。トリノ交響楽団の首席トランペット奏者カルロ・アルフィネンゴに師事し、7年間研鑽を積んだ。 イタリア時代 25歳の時、マウリツィオ・ジャンマルコ（サックス）、ウンベルト・フィオレンティーノ（ギター）、ロベルト・ガット（ドラム）、フリオ・ディ・カストリ（ベース）らと「リンゴマニア」を結成し、2年連続で年間最優秀アルバムおよび最優秀バンド賞を受賞した。 同時期、スティーヴ・グロスマンとのコラボレーションも開始。シーダー・ウォルトン、ビリー・ヒギンズ、デヴィッド・ウィリアムズらをリズムセクションに迎えたクインテットで国際的なクラブやフェスティバルに出演したほか、クリフォード・ジョーダンやジミー・コブとも共演した。また、マニュ・ロシュとフリオ・ディ・カストリとのトリオも結成し、後にジョー・ロヴァーノを加えてカルテットへと発展させた。 1988年にはイヴレアのフェスティバルやミラノのジャズクラブ「カポリーネア」にて、偉大なフレディ・ハバードと2トランペットのクインテットで共演。1984年には『Musica Jazz』誌により「年間最優秀タレント」に選ばれ、翌年には「年間最優秀ミュージシャン」に選出された。 フランス時代 1990年代初頭、アントニオ・ファラオ（ピアノ）、マニュ・ロシュ（ドラム）、パオリーノ・ダッラ・ポルタ（ベース）とカルテットを結成。コルシカ島のカルヴィ・フェスティバルで作曲家・編曲家のローラン・キュニーに見出された。1993年、キュニーはボルトロとステファノ・ディ・バッティスタをパリのONJ（フランス国立ジャズオーケストラ）のソリストに抜擢。この3年間の経験を経て、ミシェル・ペトルチアーニのセクステットに参加し、伝説的なペトルチアーニが1999年に亡くなるまで行動を共にした。 1997年、ステファノ・ディ・バッティスタと共に、エリック・レニーニ（ピアノ）、バンジャマン・エノック（ドラム）、ロザリオ・ボナッコルソ（ベース）を加えたクインテットを結成。2000年から2005年まではミシェル・ポルタル・クインテットに参加した。2003年、エリック・レニーニ、レミ・ヴィニョーロ、フランク・アギュロンと共にカルテットを結成し、ブルーノートからアルバム『40 gradi』をリリース。同年、ジョヴァンニ・ミラバッシ（ピアノ）とグレン・フェリス（トロンボーン）と共にAIRトリオを結成し、同名のアルバムで年間最優秀国際レコード賞を受賞した。 2007年、イタリアの人気歌手ジーノ・パオリがジャズミュージシャンとの共演を熱望し、フラヴィオ・ボルトロ、ロベルト・ガット、ダニーロ・レア、ロザリオ・ボナッコルソ、パオリ（ボーカル）によるクインテットが結成された。グループはブルーノートからアルバム『Milestone』を、同年にはパルコ・デッラ・ムジカ・レーベルから『Un incontro nel jazz』をリリースした。 2011年、ACTミュージックからの提案で、共にクラシックの素養を持つダニーロ・レア（ピアノ）とイタリアのオペラ・アリアをテーマにしたデュオ作品を制作。シュロス・エルマウにて1日でライブ録音が行われた。このデュオは現在、ヨーロッパやアジア（日本、中国、韓国）の劇場で高く評価されている。 1960年代の精神を探求し、トランペット奏者リー・モーガンに敬意を表した新クインテット「Joyful」を2012年に結成。ロザリオ・ジュリアーニ（サックス）、ピエトロ・ルッス（ピアノ）、アンドレ・チェッカレッリ（ドラム）、ダリル・サラ（ベース）のオールスター編成で、ゲストにカルロス・サンタナのバンドで70年代に活躍した歌手アレックス・リガートウッドを迎えた。2008年には、ジョヴァンニ・マッツァリーノ（ピアノ）、マルコ・ミケーリ（ベース）、フランチェスコ・ソッジウ（ドラム）と共にイタリア人カルテットを結成している。 現在は、自身のトリオ「BBB」（マウロ・バッティスティ：ベース、マッティア・バルビエリ：ドラム）でアルバム制作中。また、偉大なペトルチアーニ・カルテットを追悼するプロジェクト「Play Petrucciani」（アンドレア・ポッツァ：ピアノ、パオロ・ゲッティ：ベース、マニュ・ロシュ：ドラム）も率いている。